Základná škola Matky Alexie bola zriadená rehoľou Kanonisiek sv. Augustína rehole Notre Dame po prerokovaní s orgánmi štátnej školskej správy zriaďovacou listinou a dňom 17.4.1991 bola zaradená do siete škôl rozhodnutím Ministerstva školstva SR č. 7586/1991-26.
Na česť a slávu Božiu prijala škola do svojho názvu meno spoluzakladateľky rehole, blahoslavenej Alexie Le Clerk.
K 1. 12. 1747 je datovaný príchod sestier Notre Dame do Bratislavy.
Slávnostné posvätenie bratislavského kláštora Notre Dame sa uskutočnilo 17.7.1754, ktorého sa zúčastnila Mária Terézia a Jozef II.
Dátum 2.7.1770 je venovaný posväteniu vonkajšej školy. V roku 1775 sa na pokyn Márie Terézie v škole zaviedla veľká školská reforma.
V školskom roku 1775/76 opäť navštívila školu Mária Terézia. Pri tej príležitosti boli kláštor so školou nazvané Tereziánum.
Dňa 10.7.1783 navštívil školu Jozefa II. V roku 1935 bola založená Slovenská ľudová a meštianska škola, Maďarská ľudová a meštianska škola, ale možnosť študovať poskytoval aj jednoročný obchodný kurz, z ktorého vznikla dvojročná obchodná škola.
V školskom roku 1945/46 boli školy poštátnené a sestry - učiteľky boli prepustené. K 31. 8. 1950 bolo 45 sestier násilne v noci odvlečených do Nových Zámkov a neskôr do vyhnanstva do Čiech.
K 19. 7. 1990 sa sestry vrátili z vyhnanstva, pričom im boli vrátené aj budovy. Školský rok 1990/1991 bol prvým školským rokom na Základnej škole Matky Alexie po páde totalitného režimu.
